Ngài đã phát ra 12 thệ nguyện để cứu chữa bệnh tật cho chúng sanh vô minh. Đó là:

Nguyện thứ nhất: Nguyện thân ta và hết thảy các loài hữu tình đều có hào quang rực rỡ.

Nguyện thứ hai: Nguyện có quang minh rộng lớn, uy đức vời vợi để khai nguồn thông suốt cho tất cả chúng sanh.

Nguyện thứ ba: Nguyện cho chúng sanh không thiếu thốn, tùy theo lòng mong cầu mà được toại nguyện.

Nguyện thứ tư: Nguyện cầu hết thảy chúng sanh đều theo Đại thừa liễu nghĩa.

Nguyện thứ năm: Nguyện cho tất cả chúng sanh tu hành phạm hạnh thanh tịnh, giữ gìn đầy đủ Tam tụ tịnh giới.

Nguyện thứ sáu: Nguyện hết thảy chúng sanh đầy đủ thiện căn, trang nghiêm sáng suốt.

Nguyện thứ bảy: Nguyện cho tất cả chúng sanh thân tâm thường an lạc, chứng quả Vô sanh.

Nguyện thứ tám: Nguyện cho tất cả chúng sanh chuyển nữ thành nam đủ tướng trượng phu, tu chứng đạo Vô thượng.

Nguyện thứ chín: Nguyện cho các loài hữu tình được giải thoát mọi ràng buộc của Thiên ma ngoại đạo, tà kiến, ác kiến, , thu nhiếp họ trở về chánh kiến.

Nguyện thứ mười: Nguyện cho tất cả chúng sanh giải thoát các tai nạn bất thường, giặc cướp, lấn hiếp của ác ma.

Nguyện thứ mười một: Nguyện cho chúng sanh bị đói khát được ăn uống ngon lành và no đủ. Sau đó đức Phật ban cho Pháp vị để dựng nên quả đức an vui.

Nguyện thứ mười hai: Nguyện hết thảy chúng sanh nghèo cùng khốn khổ đều được đầy đủ, đồ dùng quý báu trang nghiêm "Sở nguyện tùy tâm, sở cầu như ý”.

Do đó, Đức Phật Thích-ca đã dạy: "Này Mạn-thù-thất-lợi! Trong khi thực hành Bồ-tát đạo Ngài đã phát ra 12 đại nguyện làm cho tất cả chúng sanh có chỗ sở cầu đều toại nguyện.” Như thế, 12 thệ nguyện này có mãnh lực rất lớn đối với người tại gia cũng như xuất gia, nếu tu tập, trì tụng kinh Dược Sư hoặc niệm danh hiệu Ngài đều có thể vượt qua tất cả nguy hiểm như bị giam cầm lao ngục, bệnh tật liên miên… đều được an vui tự tại.”